《方案》提出，对2016年1月1日前已经并网运行的现役机组，对其统购上网电量每千瓦时加价1分钱；2016年1月1日后并网运行的新建机组，对其统购上网电量每千瓦时加价0.5分钱。综合考虑煤电机组排放和能效水平，适当增加超低排放机组发电利用小时数，原则上奖励200小时左右，具体数量由各地确定。督促各地在提高排污费征收标准同时，对污染物排放浓度低于国家或地方规定的污染物排放限值50%以上的，切实落实减半征收排污费政策，激励企业加大超低排放改造力度。
《方案》还指出，具备条件的燃煤机组要实施超低排放改造，力争在2020年前完成改造5.8亿千瓦；不具备改造条件的机组要实施达标排放治理，改造机组容量约1.1亿千瓦；落后产能和不符合相关强制性标准要求的机组要实施淘汰，力争“十三五”期间淘汰落后火电机组规模超过2000万千瓦；要统筹节能与超低排放改造，2016~2020年全国实施节能改造3.4亿千瓦。
《方案》明确，到2020年，全国所有具备改造条件的燃煤电厂力争实现超低排放。全国有条件的新建燃煤发电机组达到超低排放水平。加快现役燃煤发电机组超低排放改造步伐，将东部地区原计划2020年前完成的超低排放改造任务提前至2017年前总体完成；将对东部地区的要求逐步扩展至全国有条件地区，其中，中部地区力争在2018年前基本完成，西部地区在2020年前完成。全国新建燃煤发电项目原则上要采用60万千瓦及以上超超临界机组，平均供电煤耗低于300克标准煤/千瓦时，到2020年，现役燃煤发电机组改造后平均供电煤耗低于310克标准煤/千瓦时。
