以排污权交易为例，虽然近年来多省份积极探索实行排污权有偿使用和交易制度，但仍存在交易冷清、市场化程度低、价格机制不完善等方面问题。福建师范大学环境科学与工程学院副教授甘晖认为，目前排污权交易的有效价格机制并没形成，排污权交易一级市场基本靠政府定价，即使存在二级市场，由于行政干预过多，也难以形成合理的定价机制，各地在排污权有偿使用定价方法和依据方面不够清晰。专家建议，应由政府负责制定规则、确定总量、配额分配、执法监督等主要环节，而应由第三方交易平台负责具体交易、结算等具体活动，减少行政干预，促进交易平台、排污权初始分配和排污权交易定价的市场化。
此外，各地还根据地区实际情况制定了一些专门的价格改革措施，对环境保护将会产生间接影响。
